Le spectre non extrait est une longue trace sur le CCD dans le sens de la dispersion spectrale. Elle est d'une certaine largeur dans le sens de la dispersion spatiale. L'extraction d'un spectre consiste donc à additionner dans la direction spatiale le flux détecté de l'étoile, et ce, pour chacune des colonnes (longueur d'onde) du CCD. Cependant, le ciel contribue également au flux détecté, si bien qu'il faut délimiter les bords du spectre ainsi que le seuil au-dessus duquel le ciel ne contribue pas au signal.
Généralement, une coupe le long de l'axe spatial montre une belle fonction symétrique d'étalement dûe à la turbulence atmosphérique. Dans mon cas, la coupe possédait deux pics et un étalement plus large. Ce problème est longtemps resté inexpliqué. J'ai d'abord cru qu'un mauvais ajustement du foyer du télescope ou du spectrographe en était la cause. Mais d'autres observateurs ont constaté le même problème lorsqu'ils utilisaient un réseau à un angle élevé. Robert Lamontagne et René Racine se sont frottés à l'épineux problème pour conclure qu'il s'agissait d'astigmatisme dans l'optique du spectrographe. Ce défaut est accentué lorsque le réseau est placé à un angle obtu comme c'était mon cas à . Heureusement, aucune perte de résolution spectrale ne découle de ce problème. En effet, en présence d'astigmatisme, deux foyers existent, l'un selon l'axe spectral, l'autre selon l'axe spatial du spectre. Or, le foyer du spectrographe a été correctement fait le long de l'axe spectral en minimisant la PLDH des pics d'émission d'une lampe de comparaison. La méthode de la lame de Foucault a été utilisée pour mettre le télescope au foyer.
J'ai donc extrait les spectres puis compensé les défauts d'alignement du CCD en ajustant une fonction polynomiale de bas ordre sur le centroïde de la coupe spatiale du spectre.