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Le point d'entrée des routines de traitement est la procédure computeeverything. À elle seule, cette routine gère toutes les étapes du traitement des données:
- L'intégration des fichiers d'observation;
- La construction du fichier de phase à partir du ou des fichiers de calibration;
- L'application de la phase parabolique aux données brutes d'observation;
- Le lissage spectral du cube de données;
- La correction spectrale du cube de données en utilisant le spectre du ciel nocturne contenu dans le cube de données;
- La soustraction du spectre du ciel nocturne du cube de données;
- Le lissage adaptatif du cube de données;
- L'extraction des cartes de vitesse radiale, flux monochromatique, continu et des largeurs des raies d'émission;
- La recherche automatique des raies d'émission dans les régions à très faible flux monochromatique, corrélées aux plus fortes raies d'émission environnantes;
- L'ajustement automatique d'un cube de données en fonction des vitesses radiales modifiées par l'usager.
Le prototype d'appel de cette procédure est le suivant: pro computeeverything, dir, cieldir, calibdir, adadir, targetsn, align=a, thresholdalign=ath, maxalign=maxalign, passalign=pa, remove_sky=sky, ohmap_remove_sky=ohsky, ohmap_degree=ohmap_degree, spectral_smooth=sl, voro=v, plot=p, correctguiding=correctGuiding, guidingnobreak=cgnb, coadd=co, continumflat=cf, noflat=nf, autorvmonolevel=autorvmonolevel, ignorecycle=ignorecycle, expand=expand, tryhard_voro=voro_tryhard, calibadhoc=caladh, startfromneb=sfn, adacieldir=adacieldir, scalefactorciel=sfc
Les options de cette procédure sont définies dans les paragraphes qui suivent.
- dir: Le répertoire dans lequel la réduction doit s'effectuer. Ce répertoire doit contenir un fichier .adp qui contient les informations relatives à l'observation.
- cieldir: Le répertoire dans lequel se trouvent les données brutes d'observation.
- calibdir: Le ou les répertoires contenant le ou les fichiers de calibration.
- adadir: Le répertoire contenant les données brutes d'observation.
- targetsn: Le rapport signal sur bruit voulu pour l'étape de lissage adaptatif.
- align: Une valeur binaire spécifiant si la correction spectrale du cube de données en utilisant le spectre du ciel doit être effectuée. 0: non. 1: oui. Par défaut: oui.
- thresholdalign: La valeur du facteur de corrélation croisée au-delà de laquelle un spectre sera considéré comme étant dominé par le spectre du ciel. La corrélation est effectuée par rapport au spectre médian du cube de données. La valeur doit être comprise entre 0.0 et 1.0. Par défaut: 0.9.
- maxalign: La correction spectrale maximale pouvant être effectuée par la routine de correction spectrale. La valeur est en canaux. La valeur doit être comprise entre 2 et le nombre de canaux du cube de données. Par défaut: le nombre de canaux du cube de données.
- passalign: Le nombre maximal d'itérations devant être effectuées pour corriger le cube de données en utilisant le spectre du ciel. La valeur doit être plus grande que 0. Par défaut: 20. L'algorithme converge normalement en deux ou trois itérations.
- remove_sky: Une valeur binaire spécifiant si le spectre du ciel doit être enlevé du cube de données. 0: non. 1: oui. Par défaut: oui.
- ohmap_remove_sky: Une valeur binaire spécifiant si le spectre du ciel doit être enlevé en reconstruisant un cube de ciel à partir des sections du cube qui ne sont pas dominées par la galaxie. 0: non. Dans ce cas, le ciel est soustrait en calculant le spectre median du cube. 1: oui. Par défaut: oui. Si un fichier ciel.adz existe, la routine de soustraction du ciel construit le cube de ciel ou un spectre médian à partir des zones définies par le fichier.
- ohmap_degree: Le degré de la fonction polynomiale utilisée pour interpoler la valeur du ciel dans les régions du cube de données dominées par la galaxie. Par défaut: 4.
- spectral_smooth: Le type de lissage spectral qui doit être appliqué au cube de données. Le lissage spectral est appliqué immédiatement après la correction de phase et avant la correction du cube de données utilisant le spectre du ciel. 0: aucun lissage spectral. 1: Lissage spectral de hanning. 2: Lissage spectral gaussien fwhm=3. Par défaut: lissage spectral de hanning.
- voro: Valeur binaire spécifiant si le lissage adaptatif doit être effectué. 0: non. 1: oui. Par défaut: oui.
- plot: Valeur binaire spécifiant si divers graphiques doivent être affichées pendant le traitement. 0: non. 1: oui. Par défaut: non.
- correctguiding: Valeur binaire spécifiant si la correction des erreurs de guidage du télescope doit être effectuée lors de l'intégration des fichiers d'observation. 0: non. 1: oui. Par défaut: non. Si la correction des erreurs de guidage est activée, l'usager devra cliquer sur des étoiles de référence. La position de ces étoiles sera ensuite conservée dans le fichier stars.ad1. Le format de ce fichier est: Ligne 0: position x de l'étoile de référence 0. Ligne 1: position y de l'étoile de référence 0. Ligne 2: position x de l'étoile de référence 1...
- guidingnobreak: Valeur binaire spéficiant s'il y a eu un saut du système de guidage pendant l'observation (ce qui survenait assez fréquemment à l'Observatoire du mont Mégantic pendant l'observation de l'échantillon SINGS). Cette donnée modifie le mode de fonctionnement de la correction des erreurs de guidage. 0: un saut est survenu. 1: un saut n'est pas survenu. Par défaut: un saut n'est pas survenu.
- coadd: Spécifie si le répertoire dir contient un cube de données qui a été additionné à un autre (voir routine coadd_lambda_files). 0: non. 1: oui. Par défaut: non. Si cette option est activée (1), seuls les cubes de données ayant été additionnés (contenant -coadd dans leur nom) seront traités.
- continumflat: Lors de la correction spectrale du cube de données en utilisant le spectre du ciel, cette option permet de demander à la routine de construire un flat à partir du niveau de continu de chaque pixel. 0: non. 1: oui. Par défaut, non. Le flat est alors construit en prenant comme référence l'amplitude du spectre du ciel contenu dans chaque pixel qui n'est pas dominé par la galaxie.
- noflat: Lors de la correction spectrale du cube de données en utilisant le spectre du ciel, cette option permet de demander à la routine de ne pas appliquer de flat au cube de données. 0: le cube est corrigé par un flat. 1: le cube n'est pas corrigé. Par défaut: 0.
- autorvmonolevel: Le flux monochromatique maximal à partir duquel une recherche automatique des raies d'émission corrélées aux plus fortes raies environnantes doit être effectuée.
- ignorecycle: Lors de l'intégration des données brutes d'observation, les cycles spécifiés par ignorecycle seront ignorés.
- expand: Par défaut, l'algorithme de lissage adaptatif masque le cube de données avec les régions où la calibration est considérée valide, ce qui permet d'éliminer les sections du champ qui sont vignettées. Par contre, lorsque deux cubes ont été additionnés avec l'option expand (voir routine coadd_lambda_files), ce masquage ne fonctionne plus puisque les dimensions du cube additionné ne sont pas les mêmes que celles de la calibration. Donc, lorsque coaddlambdafiles a été utilisé avec l'option expand=1, computeeverything doit également être appelé avec expand=1.
- voro_tryhard: Lorsque l'algorithme de lissage adaptatif accrête les spectres pour obtenir le rapport signal sur bruit demandé, il arrive que le rapport signal sur bruit diminue lors de l'addition d'un nouveau spectre. Normalement, cet évènement crée l'avortement du bin et tous les pixels qu'il contenait sont marqués comme n'appartenant pas à un bin, et ils ne seront plus considérés lors de l'accrétion des spectres pour un autre bin. Si voro_tryhard reçoit comme valeur 1, les spectres d'un bin avorté pourront être considérés par d'autres bins, à l'exception du premier spectre du bin avorté (pour éviter de boucler sans fin sur le même spectre). Cette procédure a été mise en place pour éviter que l'algorithme d'accrétion ne soit trop long à s'exécuter. Les dernières optimisations faites sur l'algorithme permettent maintenant d'utiliser cette option en tous temps sans trop allonger le temps d'exécution. Par défaut: 0. Valeur recommandée: 1.
- calib_adhoc: Cette option permet de demander aux diverses routines appelées par computeeverything d'utiliser le fichier de claibration créé par ADHOCw. Le fichiers Phas_prb.AD2 doit alors être présent dans le répertoire de traitement de la galaxie. 0: La calibration est effectuée par computeeverything. 1: Le fichier de calibration d'ADHOCw est utilisé. Par défaut: 0.
- startfromneb: Cette option permet d'outrepasser la phase d'intégration des fichiers d'observation (fichiers ada) et de démarrer le traitement directement à partir d'un cube contenant les interferogrammes intégrés. 0: Le cube d'interferogramme est créé par computeeverything. 1: Le fichier neb.ad3 est utilisé comme point de départ de la réduction. Par défaut: 0.
- adacieldir: Cette option permet de spécifier qu'un cube de ciel doit être créé à partir des fichiers d'observation (fichiers ada) contenus dans un certain répertoire. Par défaut, le ciel est créé à partir du cube de la galaxie. Cette option peut être utilisée lorsqu'une galaxie couvre tout le champ et qu'une observation du ciel a été fait indépendemment de l'observation de la galaxie.
- scalefactorciel: Cette option peut être utilisée lorsque l'option adacieldir est utilisée pour compenser des temps d'intégration différents entre l'observation de la galaxie et du ciel. Par exemple, si la galaxie a été observée deux fois plus longtemps que le ciel, cette variable doit recevoir la valeur de 2.0.
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Olivier Daigle
2005-04-25